Луи Айер е роден в Бе, кантон Во, Югозападна Швейцария през 1865 г. Живее в Хомберг, учи в Лозана, Женева и Ньошател, преподава спортни дисциплини в град Вьове.
През 1893 г. министър на просвещението на България Георги Живков кани Луи Айер заедно с още деветима швейцарски педагози в България, които да поставят основите на спортното образование в страната. Айер преподава спортна дисциплина в Лом (1894), Силистра (1903) и Русе (1909). Учредява първите спортни дружества у нас, наричани Юнашки.
Въвежда спортовете лека атлетика, вдигане на тежести, борба, бокс.
При избухването на Балканската война Луи Айер приема защитата на втората си родина за свой дълг. В деня на обявяването на мобилизацията сформира в Русе войскова част под името Юнашки легион и с него се включва в българската войска като доброволец.
По време на Междусъюзническата война Айер е командир на 1-ва рота на Дванадесета лозенградска дружина от Македоно-одринското опълчение, сформирана в Бургас. С нея се бие на Македонския фронт при Султан тепе и Драм теке. За героизъм в боя е произведен в български офицерски чин - подпоручик и е награден с два кръста „За храброст“.
След разгрома на България в Междусъюзническата война през 1913 г. издава на френски език книгата Pro Bulgaria ("За България"), в която защитава българските позиции, представяйки на света истинската причина за спора между членовете на Балканския съюз и последвалата война.
Публикува статии за България във вестник „Ла Жьонев“.
При включването на България в Първата световна война Луи Айер отново доброволно се включва в армията. Първоначално е зачислен към обоза, срещу което протестира и е преназначен като офицер в Тридесет и трети пехотен свищовски полк.
Загива при отбраната на Дойран на 2 септември 1916 г. като командир на рота от 33-ти полк. Погребан е в село Чаушли, днес в Северна Македония.
През 1991 г. в Русе е учредено Българско-швейцарско дружество „Луи Айер“. В негова чест са именувани стадион в Силистра, улица в София и връх Айер в планината Елсуърт, Антарктида.